1、旁路烟道内若不设旁路烟气挡板门，在实际运行中必须将烟气脱硫系统进口和出口侧的烟气压力差调节为“零”，才能保证烟气脱硫系统的全烟气脱硫，而在烟气脱硫系统运行中始终保持这种状态而没有偏差，控制上是有难度的，特别是烟气工况发生波动(这是比较正常的现象)时控制更难实现。
2、烟气脱硫系统若不设旁路烟道挡板，在实际运行中有可能使部分净烟气重新吸入烟气脱硫系统系统或原烟气直接排入烟囱。若烟气脱硫系统对脱硫效率要求不是很高(如国内某些电站)可以不设旁路挡板，但对脱硫效率要求高的烟气脱硫系统，则旁路挡板的设置就显得十分重要的。
3、如果烟气脱硫系统中不设置旁路挡板门，在选择升压风机容量时就要考虑一定的余量，则升压风机的造价及运行成本会增加很多。
4、烟气脱硫系统装置启停时，烟气通过旁路，旁路挡板门按要求打开，烟气脱硫系统进、出口挡板同时关闭，这种情况下，旁路挡板门可通过控制开度使其与烟气脱硫系统进、出口挡板的启闭协调进行，而不至于出现由于两路烟道阻力不同对锅炉炉膛负压产生明显影响，引起锅炉主燃料跳闸的情况。
